自黑船事件十余年後，閉關鎖國的德川幕府正迎來劇烈的變革時刻。倒幕誌士群雄並起，幕府派則加大傾軋力度，一時間山河動蕩。少年劍客緋村劍心（佐藤健 飾）為了開辟萬民自由的新時代，投身至長州藩倒幕軍團首領桂小五郎（高橋一生 飾）麾下，並逐漸成長為誅殺清除那些阻撓倒幕之人的急先鋒。一時間劊子手拔刀齋的威名傳遍京都，而他偶然殺掉的下級武士，卻在他的臉頰上留下了第一道無法消退的傷疤。不久之後，劍心邂逅憂郁沈默的女孩雪代巴（有村架純 飾）。巴留在倒幕誌士聚集的場所幫傭，在這一過程中她似乎也讓始終繃緊心弦的劍心放松下來。但是被命運和時代所撥弄的二人，等待他們的仿佛只有永生的悲劇……